ايشان در همين دوره ، اقدام به نگارش چهار كتاب اخلاقى - عرفانى نموده‌اند كه به ترتيب عبارتند از : « شرح چهل حديث » ، « سر الصلاة » ، « آداب الصلاة » ، « شرح حديث جنود عقل و جهل » و ظاهراً بسيارى از مضامين اين كتاب‌ها را در درس اخلاق خود نيز تبيين مىفرمودند . كتاب « شرح چهل حديث » در چهارم محرم 1358 / چهارم اسفند 1317 ش . به اتمام رسيده و در آن ، ابتدا روايات اخلاقى و سپس روايات عرفانى مورد شرح و تفسير قرار گرفته است . امام خمينى ( س ) در ابتداى كتاب و به هنگام نقل اولين حديث ، اسناد حديثى خود را به مرحوم ثقة الاسلام محمد بن يعقوب كلينى قدس سره ذكر فرموده است كه از طريق بزرگان فقه و حديث ، روايات كتاب « كافى » را با سند متصل خويش نقل مىفرمايند . ايشان در هنگام نقل احاديث اين كتاب ، از مرحوم كلينى با القاب و اوصاف والايى همانند : « ثقة الاسلام و المسلمين ، فخر الطائفة الحقّة ومقدّمهم » ، « الإمام الأقدم ، حجّة الفرقة و رئيس الامة » ، « فخر الطائفة وذخرها » ، « الشيخ الثقة الجليل » ، « حجّة الفرقه و إمامهم » ، « حجّة الفرقة وثقتها » ، « شيخ المحدّثين وأفضلهم » ، « الشيخ الأجل و الثقة الجليل » ، « عماد الإسلام و المسلمين » ، « ركن الإسلام » ، « الشيخ الأقدم و الركن الأعظم » ياد كرده‌اند . حضرت امام در اين كتاب ، به آراء بزرگان عرفان و فلسفه و نيز فقها و محدثين عظام اشاره فرموده و در مقام تأييد يا نقد ايشان برآمده‌اند . ايشان به تناسب مضمون احاديث ، مبانى فكرى خويش را گاه به صورت تفصيلى و گاه به طور مختصر مورد تأكيد قرار داده‌اند و به مسائل فراوانى از قبيل : فطرت ، نظام احسن ، قواى نفس ، براهين اثبات خداوند و تجرد نفس ، تجسم اعمال ، عصمت ، سريان صفات كمالى در موجودات ، انسان كامل ، حجب نورانى و ظلمانى ، اسماء و صفات الهى ، اعيان ثابته ، توحيد و . . . پرداخته‌اند . نام كتاب بر اساس تعبيراتى كه حضرت امام فرموده‌اند « شرح اربعين حديث » است امّا با نام‌هاى چهل حديث ، اربعين حديث ، و شرح چهل حديث نيز از آن ياد مىشود . نسخه اصلى و دست‌خط امام از اين كتاب ، طى حمله مأموران ساواك به منزل حضرت امام در قم به سال 1342 ش . مفقود گرديده است ، امّا برگه هايى از چرك نويس